Teini-ikäiset mutanttininjakilpikonnat

Kilpparit ovat uusien haasteiden edessä, kun Silppuri ja Kraangit yhdistävät voimansa. Kun Silppurin mutageenilasti leviää kaupunkiin, vaarassa ovat sekä kaupunkilaiset että ystävyys Aprilin kanssa.

Kilpparit saavat vastaansa Silppurin uudet robosotilaat, kun Karai vangitsee Leonardon ja pakottaa hänet taistelemaan vastustajansa liikkeet oppivia robotteja vastaan.

Mutageenikapseleiden etsintä jatkuu, ja kilpparit tuovat etsintäreissulta luolaansa mutanttioravan. Kun se alkaa lisääntyä, kilppareiden täytyy estää oravia karkaamasta kaupunkiin.

Donatello ikävöi Aprilia ja jakaa murheensa Timothyn kanssa odottamattomin seurauksin.

Michelangelo pelleilee mutageenin kanssa, joka aiheuttaa hänelle vaarallisen tartunnan.

April tahtoo jatkaa normaalia elämää, mutta Karain hyökkäys sotkee kuviot. Karain uusi salainen ase aiheuttaa päänvaivaa myös kilppareille.

Raphaelin lemmikkikilpikonna Spike saa mutageenikylvyn ja muuttuu isoksi korstoksi nimeltä Slash. Slash ehdottaa yhteistyötä Raphaelin kanssa, ja Raphael tarttuu tarjoukseen kyllästyttyään veljiensä hölmöilyyn.

April liittyy kilpikonnien mukaan tehtävään, jossa he saavat tietää järkyttävän salaisuuden hänen menneisyydestään.

Mestari Tikku ojentaa Raphaelia tämän poltettua päreensä. Jäähdytellessään tunteitaan Raphael törmää erääseen toiseen kuumakalleen.

April sekoaa altistuttuaan kummallisille itiöille ja katoaa viemärin uumeniin. Kilpparit ja Casey lähtevät perään ja joutuvat kohtaamaan pahimmat pelkonsa.